提速近10倍!基于深度学习的全基因组选择新方法来了******
近日,中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用,将助力深度学习在全基因组选择中的应用,为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物(Molecular Plant)》上。
全基因组选择作为新一代育种技术,通过构建预测模型,根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择,从而缩短育种世代间隔,加快育种进程,节约成本,推动现代育种向精准化和高效化方向发展。
统计模型作为全基因组选择的核心,极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型,难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。
相较于传统模型,非线性模型(如深度网络神经)具备分析复杂非加性效应的能力,人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机,深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。
该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料,通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。
与其他五种主流预测方法相比,该方法有以下优点: 可以利用多组学数据开展全基因组预测;算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构,可以有效降低模型错误率,提高运行速度;预测精度稳健,在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当,在大规模数据集上预测优势更加明显;计算时间与传统方法相近,比已有深度学习方法提速近10倍;超参数调整对用户更加友好。
该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。
学术支持
中国农业科学院作物科学研究所
记者
宋雅娟
诸多顽疾积重难返 中国足坛亟待荡涤沉疴******
诸多顽疾积重难返,除弊革新需用重典——
中国足坛亟待荡涤沉疴
兔年新春的节庆气氛尚未散去,中国足坛依然深陷寒冬——大年初四,已坚守十余年的武汉长江俱乐部宣布退出中国男子足球职业联赛,成为新赛季准备期第一支选择离开的球队。
近几个赛季以来,每逢联赛结束都有球队解散或者退出的消息传出,甚至还出现过中超冠军(江苏苏宁)夺冠后即解散的尴尬。究其原因,经营困难入不敷出只是表象,规划乱、理念杂、人才缺、管理差等困扰中国足坛尤其是职业联赛多年的沉疴顽疾难除才是根源。如果不能在上述关键环节彻底除弊革新,中国足球的未来依然艰难。
刚刚过去的一年,对于武汉足球而言可谓“冰火两重天”——作为“升班马”的武汉三镇一鸣惊人,一举拿下中超冠军;而在武汉乃至湖北足球危难时刻扛起大旗的武汉长江,却最终未能“挺住”,只能接受中超降级和退出职业联赛的双重苦涩。
武汉长江俱乐部在通告中并未明确退出原因,只是承认“俱乐部和球队管理运营方面有很多地方做得不够好”。但关注中超等国内职业足球联赛的人们不难想到,近年来经营环境持续恶化,俱乐部经营举步维艰,是他们最终选择告别的主因。武汉长江,成为昔日中国足坛“金元风暴”后遗症的又一个受害者。
据公开资料显示,自2011年12月卓尔控股(长江俱乐部投资方)全面接手球队以来,累计投入已近40亿元人民币。但即便如此,武汉长江在昔日一掷万金的广州恒大、河北华夏幸福、江苏苏宁等所谓“豪门”面前也是“小儿科”。
受到“金元足球”的裹挟,绝大多数中超俱乐部、部分中甲甚至是中乙球队,在近10年来盲目进行军备竞赛,投入一路狂飙。例如2017赛季的中超“升班马”贵州恒丰,在首个中超赛季的投入就高达10亿元人民币。如脱缰野马一般的高额投入,最终成为压垮俱乐部的沉重枷锁。
据统计,算上武汉长江,中超联赛近4个赛季连续有4家俱乐部宣布解散退出。近4年来,中超、中甲和中乙三级职业联赛更有多达45家俱乐部宣布解散或退出。
更令人担忧的是,即便是中国足协从2018年开始推行球员限薪、俱乐部限投等措施,即便绝大多数球队近两年来的投入已逐步回归理性,但“金元足球”所带来的后遗症依然难以快速消除。武汉长江之后,不排除还有其他中超和中甲球队在新赛季揭幕前退出。
中国足球开启职业化改革已超过20年,但至今能够做到自负盈亏的俱乐部依然是凤毛麟角。缺乏科学规划和“造血”功能,一直让中超等国内职业足球联赛受到外界诟病。而一度让职业联赛深受其害的“假赌黑”顽疾沉渣泛起,更是成为中国足球在除弊革新过程中必须要直面和解决的问题。
从去年11月26日国足原主教练李铁接受监察调查至今,中国足坛的新一轮扫黑风暴正在持续推进。
据媒体报道,在李铁接受调查的过程中,先后有多名前中超或中甲俱乐部的教练及管理人员受到调查。而在1月19日,国家体育总局网站发布消息,中国足协执委、原秘书长刘奕涉嫌严重违法,正接受有关部门监察调查,中国足协常务副秘书长兼国管部部长陈永亮涉嫌严重违纪违法接受审查调查。这表明涉及足协管理层的严重违纪违法事件调查取得重大进展。
对此,中国足协迅速召开会议,强调要汲取教训,以案为鉴,反思警醒,加强对足球从业人员管理监督,努力营造风清气正的足球生态。
有业内人士表示,新一轮的足坛反腐扫黑工作,是中国足球除弊革新,再次出发的重要契机。“确实到了需要改变的时候。只有真正打造具备科学规划和先进理念的青训体系,以及运转良好成熟的职业联赛,中国足球才有崛起的希望”。
新春伊始,沉寂多时的中国足坛,随着中国男足亚运队集训名单的出炉,以及几支国字号青年军的重新集结逐步开启了新征程。但到记者截稿时为止,新赛季中超联赛何时揭幕,中国男足帅位如何调整,中国足协换届工作何时展开等关键问题依然悬而未决。尽快吹响“开场哨”,对于现阶段的中国足球而言至关重要。(李元浩)
(来源:工人日报 2023年02月01日 08版)